Это новое исследование ставит под сомнение гипотезу мира РНК, которая предполагает, что самовоспроизводящиеся молекулы РНК были предшественниками всех современных форм жизни на Земле. Пост автора «Хайтек+» в Дзене: Найдено подтверждение гипотезы «РНК-мира» Эволюция, по определению Дарвина, это наследование с модификациями. Согласно гипотезе «РНК-мира», когда первая такая молекула появилась на планете, она служила и материалом генетического хранения, и функциональным элементом для катализации химических реакций, а ДНК и белки развились намного позже. Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории провели исследования, которые проливают свет на гипотезу РНК-мира. Одной из главных теорий является гипотеза "РНК-мира", согласно которой первые формы жизни возникли благодаря РНК-репликазе, способной копировать себя и другие молекулы РНК.
Исследования по гипотезе РНК-мира: возникновение саморепликации
| Как в мир РНК пришли белки | Гипотеза мира РНК ставит РНК в центр внимания при зарождении жизни. |
| Молекулы РНК появились на Земле раньше молекул ДНК и белков | рибозимов - в 1982-1983. |
| Появилась новая гипотеза возникновения ДНК и РНК | Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории раскрывают новые доказательства гипотезы РНК-мира, согласно которой первые репликаторы на Земле были РНК-молекулами. |
ELife: выявлено самовоспроизведение молекул, подтверждающее гипотезу РНК-мира
Такой сценарий, по его мнению, больше соответствует результатам экспериментов и тому, что мы видим в современных организмах, чем гипотеза «РНК-мира». Идея мира РНК была впервые высказана Карлом Вёзе в 1968 году, позже развита Лесли Орджелом и окончательно сформулирована Уолтером Гильбертом в 1986 году. Сегодня Зоя Андреева рассматривает гипотезу РНК-мира, необязательно верную, но способную свергнуть центральную догму.
Исследователи смешивают РНК и ДНК, чтобы изучить, как началась жизнь на Земле
Эта работа подрывает так называемую «гипотезу мира РНК», которая утверждает, что РНК сформировала основу биосферы Земли задолго до того, как появились ДНК и другие молекулы, важные для жизни, хотя доказательств этого было недостаточно. Стоит отметить, что ученые, не участвовавшие в исследовании, ставят под сомнение достоверность условий, созданных для исследования. Фрэнсис Уэстолл, директор группы экзобиологии в Центре молекулярной биофизики французского Национального центра научных исследований в Орлеане, отмечает, что формирование оснований требует очень специфических условий. Смеси должны были бы высыхать и подвергаться воздействию ультрафиолетового света — это могло случиться на суше, которая на Земле более четырех миллиардов лет назад была в дефиците.
На рисунке отчётливо видна характерная для тРНК вторичная структура в виде «клеверного листа». В нижней части молекулы находится антикодоновая петля, ответственная за комплементарное связывание с кодоном мРНК. Согласно гипотезе геномного тэга, верхняя и нижняя половины тРНК эволюционировали по отдельности, причём верхняя половина древнее нижней.
Всем хорошо известна важная роль тРНК в биосинтезе белка. Однако у тРНК и подобных ей молекул есть другая, менее известная, но не менее важная функция: в различных репликативных процессах они исполняют роль праймеров и шаблонов. Это могут быть процессы репликации одноцепочечной вирусной РНК, репликация митохондриальной ДНК у грибов, репликации теломер [10].
Обратимся к вирусной РНК. Тэг играет роль шаблона при инициации репликации вирусной РНК. Более того, эти участки бывают настолько похожи на «настоящие» тРНК [10] , что могут быть аминоацилированы то есть к ним может быть присоединена аминокислота при помощи фермента аминоацил-тРНК-синтетазы.
Тем самым видно, что тРНК современных организмов способны также служить и праймерами. Возможно ли, что тРНК сегодняшних организмов произошли от древних геномных тэгов? Алан Вейнер и Нэнси Мэйцелс [10] отвечают на этот вопрос утвердительно.
Согласно их теории, верхняя и нижняя половинки тРНК эволюционировали по-отдельности, причём верхняя часть тРНК появилась раньше нижней и является потомком геномных тэгов [10]. Происхождение рибосом При построении гипотезы мира РНК много внимания уделяется и происхождению рибосом, потому что их образование фактически можно приравнять к переходу от РНК-катализа к белковому процессу. Как известно, рибосома состоит из двух субъединиц: малой и большой.
Ключевую роль в синтезе белковой цепи играет большая субъединица рибосомы, в то время как маленькая считывает мРНК. Модель происхождения одной из молекул большой субъединицы была предложена канадскими биохимиками Константином Боковым и Сергеем Штейнбергом [11]. Они сосредоточили внимание на 23s-рРНК состоящей из шести доменов, I—VI , так как именно в этой молекуле находится функциональный центр, ответственный за реакцию транспептидации присоединение новой аминокислоты к растущей полипептидной цепи.
Данная молекула содержит около трёх тысяч нуклеотидов и способна образовывать сложные трёхмерные структуры. Важную роль в поддержании трёхмерной структуры молекулы играют так называемые А-минорные связи [11]. Они представляют собой связи между «стопками» нуклеотидов как правило, аденозинов [11] с участками, образующими двойные спирали.
Связи формируются между спиралями и стопками, расположенными в разных областях молекулы. Соответственно, в молекуле должна присутствовать некая более простая структура, с которой и началась её эволюция. Особое внимание исследователей привлёк домен V [11].
Интересным в нём было то, что он содержит большое количество двойных спиралей при фактически полном отсутствии аденозиновых стопок. Вот что пишут по этому поводу авторы исследования: «Чтобы объяснить аномалию, имеющую место в домене V, мы предположили, что это отражает порядок, в котором различные части присоединялись к 23s-рРНК по мере её эволюции. В А-минорных мотивах конформационная стабильность аденозиновых стопок зависит от присутствия двойных спиралей, в то время как двойные спирали способны сохранять стабильную структуру сами по себе» [11].
Из этого следует, что домен V является наиболее древней частью молекулы: его спиральные участки, что придают стабильность всей молекуле, должны были появиться раньше других частей, содержащих аденозиновые стопки. Более того, именно в пятом домене находится функциональный центр, ответственный за формирование пептидной связи в процессе биосинтеза белка. Выходит, что пятый домен является и функциональным центром молекулы, и её структурным остовом.
Это говорит о том, что эволюция 23s-рРНК началась именно с него. Далее авторы попытались реконструировать эволюцию 23s-рРНК. Для этого они разбили молекулу на 60 относительно небольших участков и попытались «разобрать» её так, чтобы, убирая части поэтапно, не повредить структуру оставшейся молекулы.
Опустив детали, укажем, что вывод был именно такой: эволюция этой молекулы началась именно с пептидил-трансферазного центра пятого домена, так как при разборке он оставался последним неповреждённым участком см. Исследователи считают, что именно эта структура и является древней «проторибосомой». Способна ли эта маленькая часть огромной молекулы выполнять свою работу самостоятельно?
Исследования дают положительный ответ. В ходе экспериментов были получены искусственно выведенные рибозимы, способные осуществлять реакцию транспептидации [12]. Рисунок 4.
Эволюция «проторибосомы». Слева — Вторичная структура 23s-рРНК. Красные кружочки изображают спиральные участки, жёлтые — аденозиновые «стопки».
Бог может задерживать действие того или иного закона, на тот или иной период времени. Возьмем, для примера, такой случай. Я бросил стеклянный стакан вверх и знаю, что он, будучи подвержен закону тяготения, упадет на каменный пол и разобьется, но вот, в последний момент я подхватил его и стакан остался целым. Произошло своего рода чудо: — то, что подлежало роковому падению, спасено. Но разве я, совершив это «чудо», нарушил закон тяготения? Конечно, нет! Я только не воспользовался услугами этого закона до конца, прервав во время его действие моим внезапным вмешательством.
Христос сказал: «Отец Мой доныне делает, и Я делаю... Ибо Отец любит Сына и показывает Ему все, что творит Сам; и покажет Ему дела больше сих, так что вы удивитесь... Итак, «Господь творит все, что хочет, на небесах и на земле, на морях и во всех безднах... Рогозина«Существует ли загробная жизнь?
Самоорганизовавшись в процессе экспериментов из одних лишь экологически чистых, сугубо природных компонентов, РНК начинала размножаться и эволюционировать, приспосабливаясь к условиям. Дальнейший путь от этой молекулы к ДНК и к примитивному организму в лабораторных условиях воспроизведён не был, поскольку предполагал бы длительное «самообучение» молекул тому, катализ синтеза чего именно, кроме самих себя, им надлежит осуществлять.
Но проблем в этой области не предвиделось. Возникновение клетки заслуживающее, впрочем, отдельного рассмотрения являлось очевидным и неизбежным результатом накопления молекулами генетической информации. Однако, РНК-мир обладал и крайне неприятной слабостью. Все вышеупомянутые чудеса происходили в пробирке. Смоделировать естественные условия, в которых все нужные вещества собрались бы в одном месте в необходимой для протекания реакции синтеза РНК концентрации, оказалось невозможно. Надежды, связываемые с «чёрными курильщиками» зарождение жизни в горячих ключах , не оправдывались. Жирный налёт на внутренней поверхности жерл подводных гейзеров представлял собой нечто похожее… но, всё-таки, не то.
Установлено, как первые формы жизни, возможно, упаковывали РНК
Фрэнсис Уэстолл, директор группы экзобиологии в Центре молекулярной биофизики французского Национального центра научных исследований в Орлеане, отмечает, что формирование оснований требует очень специфических условий. Смеси должны были бы высыхать и подвергаться воздействию ультрафиолетового света — это могло случиться на суше, которая на Земле более четырех миллиардов лет назад была в дефиците. Она добавила, что несмотря на то, что исследование «умное» и «не совсем невозможное», существуют «другие, лучшие гипотезы относительно мест возникновения жизни и пребиотических молекул». Ранее английские химики воссоздали возможный механизм образования РНК у истоков жизни.
Оказалось, что рибозим, который способен расщеплять другие молекулы, может возникнуть спонтанно, поскольку для обеспечения его функции необходимы только несколько консервативных оснований. Однако оставалась проблема, как именно это свойство сохранилось в ходе биохимической эволюции. Исследователи разработали модель, которая имитирует случайные разрывы в простых молекулах РНК, лишенные ферментативной активности. В результате возникали короткие цепочки РНК, которые действовали как праймеры — затравки для синтеза более длинных цепей РНК. Этот неферментативный механизм приводил к образованию большого количества копий разрушенного полимера, подобно тому, как регенерируют черви, разрезанные на сегменты.
Но как бы они ни появились, они должны были начать взаимодействовать с нуклеиновыми кислотами. Причём взаимодействовать очень тесно: всё-таки сейчас у нас информация о белках закодирована в именно ДНК и РНК, последовательности аминокислот соответствует последовательность генетических букв. Сотрудники Мюнхенского университета имени Людвига и Максимилиана описывают в Nature , как это могло произойти. Дело в том, что азотистые основания — аденин А , тимин Т , гуанин Г , цитозин Ц и урацил У вместо тимина в РНК — нередко получают химические модификации, и в таком модифицированном виде сидят в цепях нуклеиновых кислот. Если говорить о РНК, то модифицированные «буквы» есть, например, в рибосомах. Так называют большие молекулярные машины, которые заняты синтезом белка во всех живых клетках. Каждая рибосома — это сложный комплекс, в котором на каркасе специальных рибосомных РНК сидит множество рибосомных же белков. Информацию для синтеза белка рибосома считывает с другой РНК, матричной мРНК — она едет по мРНК и считывает последовательность букв, которая кодирует тот или иной белок. В общих чертах получается следующая картина: транспортная РНК с той или иной аминокислотой соприкасается с участком матричной РНК, и если к рибосоме пришла нужная тРНК с нужной аминокислотой, она эту аминокислоту присоединяет к растущей белковой цепи. Причём здесь модифицированные азотистые основания в рибосомной РНК? При том, что они стабилизируют взаимодействие между двумя другими РНК, транспортной и матричной.
Гипотеза РНК-мира заключается в том, что первые репликаторы на Земле представляли собой РНК-молекулы, которые могли инициировать собственное воспроизведение без помощи белковых ферментов. Но долгое время было неясно, как такая молекула может появиться из предшественников, которые не могут проявлять каталитической активности. Специалисты обнаружили, что рибозим, который помогает расщеплять другие молекулы, может появиться спонтанно, потому что для обеспечения его работы необходимы только несколько классических оснований. Но и тут оставалась проблема, как именно это свойство сохранилось во время биохимической эволюции.
Молекулы РНК появились на Земле раньше молекул ДНК и белков
В ходе эксперимента появились короткие цепочки РНК, которые действовали как праймеры — затравки для синтеза более длинных цепей РНК. Из-за этого появлялось множество копий разрушенного полимера. Ученые сравнили такое явление с регенерацией червей, которых разрезают на сегменты. По материалам зарубежных СМИ.
Ученые разработали модели, имитирующие возможные пути эволюции предшественников РНК, лишенных каталитической активности. Одна из моделей демонстрирует, как случайные разрывы в молекулах РНК могут привести к образованию цепочек, действующих как затравки для синтеза более длинных цепей.
Источник фото: Фото редакции Другая модель включает спонтанно образующиеся рибозимы, которые при столкновениях разрезают полимерные цепочки, стимулируя их самовоспроизводство.
Особенность тРНК в том, что, несмотря на свой небольшой размер, она частично состоит из множества нуклеотидов , которые не встречаются в других местах. Таким образом, эти «экзотические» нуклеотиды имели пребиотическое происхождение, остатки мира РНК. Таким образом, эти компоненты присутствуют во всех трех сферах жизни. Для Мари-Кристин Морель «последние играют фундаментальную роль в жизни, и их старшинство не вызывает сомнений». Еще одна удивительная структура: в вирусе TYMV вирус желтой мозаики турнепса инициация трансляции вирусного генома в белок осуществляется через структуру типа тРНК, которая инициирует собственную трансляцию и фиксирует аминокислоту.
Структура вируса PSTV. РНК и наследственность РНК играет роль в передаче активности генов: такой механизм называемый эпигенетикой не связан с ДНК и может служить доказательством способности РНК участвовать в « наследственности». В результате использование ДНК в качестве опоры для генетической информации позволило уменьшить количество ошибок при дублировании генов и, следовательно, увеличить их длину и, следовательно, сложность связанного с ними метаболизма. Однако не способность разрешать сложный метаболизм может составлять селективное преимущество для этого перехода, поскольку начальный переход требует установления метаболических путей, связанных с ДНК, что изначально влечет за собой затраты, которые не сразу компенсируются преимуществом, заключающимся в том, что может обеспечить более сложный метаболизм. Некоторые ученые например, вирусолог Патрик Фортерр из Института генетики и микробиологии в Орсе полагают, что именно вирусы являются «изобретателями» ДНК. Фактически известно, что некоторые современные вирусы изменяют свою ДНК, чтобы сделать ее устойчивой к нуклеазным ферментам своего хозяина путем метилирования, гидроксиметилирования и т.
Можно представить, что форма маскировки для РНК-вируса заключалась в том, чтобы просто деоксигенировать рибозу, создавая предковую ДНК, образованную урацилом. На втором этапе эти вирусы заменили бы группу урацила на группу тимина, следуя тому же синтезу, что и для современной ДНК. При таком сценарии первоначально РНК-вирусы приобрели бы систему двойной трансляции: первую систему для восстановления РНК до ДНК типа рибонуклеотидредуктазы и систему обратной транскрипции. Передача микробам Также кажется, что существует небольшая гомология между ферментами, необходимыми для репликации, репарации и рекомбинации ДНК у эубактерий , архей и эукариот : их общий предок, следовательно, не имел определенного количества этих ферментов ненужных при отсутствии генома ДНК. Эти белки затем появились бы независимо в каждой основной линии возможно, в некоторых случаях из вирусных генов. Большое филогенетическое распространение Несмотря на большое структурное и функциональное разнообразие, распределение РНК позволяет заново открыть деление живых существ.
Таким образом, небольшие ядрышковые РНК являются общими только у архей и эукариот, теломеразная РНК присутствует только у эукариот, в то время как прокариоты являются единственными, кто обладает тмРНК. Эффективность белка «Четвертичная» структура белка. Эти белки являются очень эффективными катализаторами, а не рибозимов. Точно так же в живом мире 20 аминокислот , но только четыре нуклеотида, поэтому белки намного разнообразнее РНК.
Вся совокупность колоний в связи с этим быстро эволюционировала [10]. После возникновения белкового синтеза колонии, умеющие создавать ферменты, развивались успешнее. Ещё более успешными стали колонии, сформировавшие более надёжный механизм хранения информации в ДНК и, наконец, отделившиеся от внешнего мира липидной мембраной, препятствующей рассеиванию своих молекул. Шапиро критикует гипотезу РНК-мира, считая, что вероятность спонтанного возникновения РНК, обладающей каталитическими свойствами, очень низка. Взамен гипотезы «вначале была РНК», он предлагает гипотезу «вначале был метаболизм», то есть возникновение комплексов химических реакций — аналогов метаболических циклов — с участием низкомолекулярных соединений, протекающих внутри компартментов — пространственно ограниченных самопроизвольно образовавшимися мембранами или иными границами раздела фаз — областей. Эта концепция близка к коацерватной гипотезе абиогенеза, предложенной А.
Опариным в 1924 году [11]. Другой гипотезой абиогенного синтеза РНК, призванной решить проблему низкой оценочной вероятности синтеза РНК, является гипотеза мира полиароматических углеводородов , предложенная в 2004 году и предполагающая синтез молекул РНК на основе стека из полиароматических колец. Фактически, обе гипотезы «пре-РНК миров» не отвергают гипотезу мира РНК, а модифицируют её, постулируя первоначальный синтез реплицирующихся макромолекул РНК в первичных метаболических компартментах, либо на поверхности ассоциатов, отодвигая «мир РНК» на вторую стадию абиогенеза.
Получено экспериментальное подтверждение гипотезы РНК-мира
Последние новости по теме рнк. Согласно гипотезе РНК-мира, молекула РНК играла ключевую роль в молекулярных процессах и биохимических реакциях, которые привели к появлению жизни на Земле. Ученые из Университета Иллинойса представили новые доказательства в поддержку гипотезы РНК-мира, которая является важной теорией о происхождении жизни на Земле. Результаты исследования, которое фактически доказывает гипотезу существования РНК-мира, опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS). Главная/Биология/Моделирование происхождения жизни: Новые доказательства существования "мира РНК". Идея мира РНК была впервые высказана Карлом Вёзе в 1968 году, позже развита Лесли Орджелом и окончательно сформулирована Уолтером Гильбертом в 1986 году.
Американские ученые выявили новое объяснение возникновения жизни на Земле
Эта работа подрывает так называемую «гипотезу мира РНК», которая утверждает, что РНК сформировала основу биосферы Земли задолго до того, как появились ДНК и другие молекулы, важные для жизни, хотя доказательств этого было недостаточно. Гипотеза мира РНК утверждает, что первые жизненные формы могли появиться на основе РНК. Ранее считалось, что на Земле способная к размножению жизнь возникла на основе РНК-молекул (так называемая, гипотеза РНК-мира). Мир РНК — это красивая гипотеза о самозарождении жизни, и вчера ее доказательство стало на шаг ближе.